پس از تحویل مقاله به مجله فیزیولوژی و فارماکولوژی ایران و بررسی در جلسه هیأت تحریریه، مقالات براساس الویت‌ها و چارچوب موضوع مجله به چهار صورت پذیرش اولیه، رد مقاله، اصلاح فرمت، تکمیل مستندات انتخاب می‌شوند. برای مقالات مورد پذیرش اولیه، براساس موضوع مقالات، داوران متخصص در آن زمینه انتخاب می‌شوند. مقاله جهت ارزیابی به سه داور ارسال می‌شود. داور موارد زیر را در مقاله مورد بررسی قرار می‌دهد: چکیده، ساختار مقاله، نتیجه‌گیری و واژه‌های کلیدی، سنخیت مطالب مقاله با عنوان،تناسب محورهای اصلی مقاله (چکیده، کلید واژه، مقدمه، متن اصلی، نتیجه گیری)، انسجام و پیوستگی مطالب، رعایت اصول پژوهشی به ویژه از بعد روش شناسی، رعایت شیوه نگارش، توانایی استدلال و پروراندن مطلب، کیفیت مقاله از نظر استنادات، نو و بدیع بودن عنوان و مطالب مقاله، تنظیم منابع و فهرست مطالب و مآخذ، بررسی پیشینه پژوهش. بعد از داوری، مقاله‌ها توسط سردبیر بررسی شده و نظر داورهای مختلف تجمیع و بررسی می‌شود. مقاله جهت اصلاح به نویسنده برگردانده می شود و بعد از اصلاح نویسنده، مقاله مجددا توسط سردبیر بررسی می شود. بعد از تایید نهایی، چکیده انگلیسی جهت ویرایش به ویراستار انگلیسی ارسال می‌شود. سپس مقاله بررسی و تایید نهایی می‌شود. پیش نویس مقاله تهیه شده و با نظر سردبیر به نویسنده جهت انجام اصلاحات ارسال می‌شود. بعد از انجام تغییرات جهت تایید نهایی به مدیر مسئول ارسال می‌گردد.
