Iranian Journal of Physiology and Pharmacology

fa بررسی الگوی بیان ژن سلول‌های بنیادی مزانشیمی مشتق از چربی انسان پس از تیمار با سیلیبینین Transcriptomic analysis of the effect of silibinin on human adipose tissue-derived mesenchymal stem cells using RNA sequencing سلولی- مولکولی Cellular and Molecular پژوهشي اصیل Original Research زمینه و هدف: سلول‌های بنیادی مشتق از بافت چربی به دلیل قابلیت تمایز بالا و خواص تعدیل‌کنندگی ایمنی، در پزشکی بازساختی جایگاه ویژه‌ای دارند. سیلیبینین، ترکیب زیست‌فعال اصلی خار مریم، دارای خواص ضدالتهابی و آنتی‌اکسیدانی است. این مطالعه با هدف بررسی تأثیر سیلیبینین بر الگوی بیان ژنومیک انجام شد. روشها: سلول‌های بنیادی با غلظت‌های 0/5، ۱ و ۱۰ میکروگرم بر میلی‌لیتر سیلیبینین تیمار شدند. زنده‌مانی سلولی با روش سنجش ام تی تی ارزیابی گردید. سپس، توالی‌یابی آر ان ای بر روی سلول‌های تیمار شده با غلظت 5/0 میکروگرم (در روز دوازدهم) در مقایسه با گروه شاهد انجام شد. تحلیل غنی‌سازی مجموعه‌ژنی از طریق ابزار وب گستالت صورت گرفت. یافته‌ها: غلظت‌های 0/5 و ۱ میکروگرم سیلیبینین سبب افزایش حیات و فعالیت متابولیکی سلول شدند، در حالی که غلظت ۱۰ میکروگرم اثر سمیت داشت. در مجموع ۲۵۷ ژن با بیان متفاوت شناسایی شد که ۸۹ ژن آن در فرآیندهای زیستی کلیدی نقش داشتند. مهم‌ترین تغییرات شامل کاهش بیان ژن‌های آر اچ جی دی بی (14/67- برابر) و تی ان اف اس اف ۱۸ (18/64- برابر) و افزایش بیان ژن‌های سی دی ۳۶  (8/65+ برابر) و اف جی اف ۱ (8/95+ برابر) بود. نتیجه‌گیری: ‌ سیلیبینین در غلظت 0/5 میکروگرم با ایجاد یک الگوی ترانسکریپتومی اختصاصی، مسیرهای دخیل در چسبندگی سلولی، سازمان‌دهی ماتریس خارج سلولی، رگ‌زایی و تنظیم فعالیت هسته‌ای را به‌طور معنی‌داری تحت تأثیر قرار می‌دهد. تنظیم هماهنگ این ژن‌ها نشان می‌دهد که سیلیبینین بیان ژن‌های کلیدی مرتبط با فرآیندهای سلولی را تعدیل می‌کند و بینش‌های مولکولی بالقوه‌ای در مورد نقش تنظیمی آن در این فرآیندها ارائه می‌دهد. Background: Human adipose-derived stem cells (hADSCs) are vital in regenerative medicine due to their high differentiation potential and immunomodulatory properties. Silibinin, the primary bioactive compound in milk thistle, possesses diverse pharmacological effects, including anti-inflammatory and antioxidant properties. However, its impact on the genomic expression patterns of hADSCs remains unexplored. Methods: hADSCs were treated with varying silibinin concentrations (0.5, 1, and 10 μg/mL) for 24 hours, and viability was assessed via MTT assay. To identify differentially expressed genes (DEGs), RNA sequencing (RNA-Seq) was performed on control and 0.5 μg/mL-treated cells on day 12. Gene set enrichment analysis was conducted using WebGestalt (2024) and relevant biological databases. Results: MTT assays revealed that 0.5 and 1 μg/mL concentrations enhanced cell proliferation, whereas 10 μg/mL exhibited cytotoxicity. RNA-Seq identified 257 DEGs, with 89 genes significantly involved in various biological processes. Key findings included significant differential expression of ARHGDIB (fold change: -14.67), CD36 (+8.65), TNFSF18 (-18.64), and FGF1 (+8.95). Conclusion: Silibinin (0.5 μg/mL) promotes hADSC proliferation and induces a specific transcriptomic profile. This profile significantly enriches genes associated with cell adhesion, extracellular structure organization, angiogenesis, and ribonuclease activity regulation. The coordinated regulation of genes involved in inflammation, vascular differentiation, and bioadhesion highlights silibinin’s therapeutic potential for tissue repair and enhancing cellular functions in regenerative therapies.     الگوی بیان ژن, توالی‌یابی آران‌ای , سلول بنیادی مزانشیمی, سیلیبینین Adipose-derived mesenchymal stem cells, Gene expression profiling, RNA sequencing, Silibinin 71 81 http://ijpp.phypha.ir/browse.php?a_code=A-10-700-3&slc_lang=fa&sid=1 Sogand Abedi سوگند عابدی 10031947532846007589 10031947532846007589 No 1. Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Central Tehran Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، واحد تهران مرکزی، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران Farshid Kafilzadeh فرشید کفیل‌زاده 10031947532846007590 10031947532846007590 No 2. Department of Biology, Jahrom Branch, Islamic Azad University, Jahrom, Iran گروه زیست‌شناسی، واحد جهرم، دانشگاه آزاد اسلامی، جهرم، ایران Soheila Zamanlui Benisi سهیلا زمانلویی بنیسی 10031947532846007591 10031947532846007591 Yes 3. Department of Biomedical Engineering, Islamic Faculty of Engineering, Central Tehran Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran گروه مهندسی پزشکی، دانشکده مهندسی، واحد تهران مرکزی، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران Yaghoob Tahery یعقوب طاهری 10031947532846007592 10031947532846007592 No 5. Department of Biology, Jahrom Branch, Islamic Azad University, Jahrom, Iran گروه زیست‌شناسی، واحد جهرم، دانشگاه آزاد اسلامی، جهرم، ایران